L hygiène est un ensemble de mesures destinées à prévenir les infections et l'apparition de maladies infectieuses. Elle se base essentiellement sur trois actions : le nettoyage et la détersion ; la désinfection ; la conservation. Le mot hygiène dérive du nom de la déesse grecque Hygie (dont l'étymologie vient du grec ancien ὑγιεινός, hugieinós « bon pour la santé »), qui était la déesse de la santé et de la propreté.
Tout exploitant du secteur alimentaire est responsable de la mise en place d’un plan de maitrise sanitaire (PMS) précisant les mesures prises pour assurer l’hygiène et la sécurité sanitaire des aliments. Ce plan inclut les bonnes pratiques d’hygiène (BPH), les procédures fondées sur les principes de l’HACCP, et les mesures de traçabilité et de gestion des non-conformités.

L'hygiène des aliments comporte l'ensemble des pratiques visant à ce que les aliments mis sur le marché ne soient ni nocifs (préjudiciables à la santé) ni inacceptables pour la consommation en raison d'altérations par des micro-organismes sans caractère nocif. On dit par conséquent que l'hygiène a deux composantes, la sécurité et la salubrité. La sécurité des aliments est aussi appelée innocuité ou sécurité sanitaire des aliments.
En complément des bonnes pratiques d'hygiène, les industries alimentaires mettent en œuvre une approche méthodique pour la prévention des maladies infectieuses transmise par les aliments : le système HACCP (analyse des dangers et points critiques pour leur maîtrise). L’ISO 22000 est la seule norme volontaire internationale sur le management de la sécurité des denrées alimentaires.
L'ISO 22000 est une norme internationale, relative à la sécurité des denrées alimentaires. Elle est applicable pour tous les organismes de la filière agroalimentaire. Cette norme vise à créer et maintenir un système de management de la sécurité des aliments (SMSDA). Elle met l'accent sur les compétences du personnel, sur la recherche continue d'informations concernant les produits alimentaires (nouvelles lois, normes, règlements, etc.) et sur un retour au système HACCP, tel qu'exposé par le Codex Alimentarius.